انجمن کامپیوتر ایران

شناسایی پیوند بین پروتئین‌ها در شناخت بیماری‌های ناشناخته و طراحی داروها نقش اساسی دارد. این پیوندها شبکه تعاملی پروتئین-پروتئین را شکل می‌دهند که نوعی از شبکه‌های پیچیده است که در آن گره‌ها پروتئین‌ها و یال‌ها تعاملات بین پروتئین‌ها را نمایش می‌دهند. در حال حاضر پیوندهای شناخته شده با استفاده از روش‌های پیش‌بینی پیوند، بخش کوچکی از کل ارتباط‌های بین پروتئین‌ها را در بر می‌گیرند؛ از طرفی این روش‌ها اغلب برای شبکه‌های پیچیده ارائه شده‌اند و ویژگی خاص شبکه‌های تعاملی پروتئین-پروتئین را در نظر نمی‌گیرند. در این مقاله یک روش پیش‌بینی پیوند با استفاده از تعبیه گراف و اطلاعات ساختاری شبکه‌های تعاملی پروتئین-پروتئین ارائه می‌شود که ویژگی خاص این شبکه‌ها را در نظر می‌گیرد. در ابتدا با ترکیب مجاورت مرتبه اول و سوم یک ماتریس احتمال انتقال به دست می‌آید، سپس از قدم‌زدن تصادفی برای تولید دنباله‌ای از گره‌ها استفاده می‌شود و در نهایت این دنباله‌های به‌دست‌آمده به مدل Skip-Gram داده می‌شوند تا بردار ویژگی هر گره استخراج شده و برای پیش‌بینی پیوند از آن‌ها استفاده شود. روش پیشنهادی بر روی دو مجموعه‌داده واقعی شبکه‌های تعاملی پروتئین‌ها مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج حاصل نشان‌دهنده بالا بودن کارایی و دقت روش پیشنهادی نسبت به روش‌های مورد مقایسه است.