مشاهده مشخصات مقاله
تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی مبتنی بر تعامل‌های درون ماژولی و بین ماژولی در شبکه برهمکنش پروتئین-پروتئین
|
نویسنده (ها) |
-
بابا علی صفری
-
علی جلیلوند
-
بهزاد اکبری
|
|
مربوط به کنفرانس |
بیست و دومین کنفرانس ملی سالانه انجمن کامپیوتر ایران |
|
چکیده |
کمپلکس پروتئینی گروهی از پروتئین‌ها هستند که نقش مهمی در فرایندهای زیستی دارند. با توجه به نقش کمپلکس‌هاي پروتئيني در انجام بسياري از عملکردهای سلولي موجودات زنده، کشف آن‌ها مي‌تواند به درک بهتر فرآيندهاي سلولي و توسعه کاربردهاي مبتني بر مهندسي زيستي منجر شود. ازاین‌رو یکی از چالش‌برانگیزترین مسائل موجود در محاسبات زیستی تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی در شبکه‌های برهمکنش پروتئین-پروتئین (PPI) است. بیشتر روش‌های محاسباتی موجود مبتنی بر این باور طراحی‌شده‌اند که نواحی متراکم در شبکه PPI ممکن است مطابقت بیشتری با کمپلکس‌های پروتئینی داشته باشند. از طرفی کمپلکس‌های پروتئینی پراکنده تقریباً یک‌سوم کمپلکس‌های ارزیابی را تشکیل می‌دهند، که در روش‌های محاسباتی ذکرشده نادیده گرفته می‌شوند. بنابراین در این پژوهش یک روش دومرحله‌ای برای تشخیص هر دو نوع کمپلکس‌های پروتئینی، متراکم و پراکنده در شبکه تعاملی پروتئینی پیشنهادشده است. در مرحله اول، هسته‌ها را که به‌عنوان قلب کمپلکس‌های پروتئینی است تشخیص داده می‌شود و سپس افزونه‌ها را بر اساس معیار تفاوت تعداد یال‌های درون ماژولی و بین ماژولی و توزیع درجه، به هسته اضافه می‌شود. ارزیابی کارایی روش پیشنهادی و مقایسه با روش‌های قبلی مانند MCODE، DPClus، ADHAC و COACH بر روی شبکه برهمکنش پروتئینی مانند DIP نشان‌دهنده‌ی عملکرد بهتر در تشخیص کمپلکس‌های پروتئینی متراکم و پراکنده است. |
|
قیمت |
-
برای اعضای سایت : ۱٠٠,٠٠٠ ریال
-
برای دانشجویان عضو انجمن : ۲٠,٠٠٠ ریال
-
برای اعضای عادی انجمن : ۴٠,٠٠٠ ریال
|
خرید مقاله
|
|
.gif){kind=icon}